Flora
La superficie de bosques total del Parque es de 79.000 ha. aproximadamente, predominando la lenga y el guindo. La flora del Parque Nacional Los Glaciares es posecion del Distrito Magallánico, el más austral del mundo. Los arbustos mas destacados son el notro, de bonitas flores rojas, el calafate, de flores amarillas y fruto violeta, y el sauco del diablo, en zonas muy húmedas del bosque.
La vegetación se desarrolla en tres áreas bien definidas:
Estepa
Bosque
Semidesierto de altura
Estepa
La estepa del Parque Nacional tiene una gran adaptación a niveles de sequedad extrema y a la defensa contra factores como el frío y el viento. Las gramíneas forman matas bajas y compactas, con hojas plegadas, rígidas y cubiertas de una pesada cutina que les baja el nivel de evaporación. Son comunes las matas circulares, como el neneo, o semilunares.
Bosque
Por debajo de la vegetación andina, se encuentran los bosques de Nothofagus. El punto superior del bosque se encuentra aproximadamente entre los 1000 a 1100 m de altura.
Hay tres especies distintas de Nothofagus dentro del Parque:
La lenga (Nothofagus pumilio)
El ñire (Nothofagus antárctica)
El coihue o guindo(Nothofagus betuloides)
La lenga es la que tiene la mayor distribución, ocupando la mayor proporción de los bosques del área. Se los encuentra comunmente recubiertos de líquenes.
Los faldeos montañosos que precipitan hacia los brazos del Lago Argentino están ocupados principalmente por bosques densos y continuos.
En sectores más occidentales, como los faldeos de los Senos Mayo y Spegazzini, se distribuye el denominado bosque higrófilo magallánico. En estas zonas, desde el nivel de los lagos hasta los 500 m, los bosques estan dominados por el guindo (Nothofagus betuloides), el cual en los sitios más favorables puede llegar de los 20 a los 30 metros de altura, y un metro de diámetro. Junto con el guindo, son comunes el canelo, que alcanza de 8 a 12 m de altura y el sauco. En el sotobosque se encuentran diversas especies arbustivas.
El suelo herbáceo es abierto y ofrece Uncinia brevicaulis, Valeriana lapathyfolia, Viola maculata y distintas especies de gramíneas.
Se puede encontrar una sola especie de enredadera: Luzuriaga marginata, la que frecuentemente se halla en el borde de los arroyos o al pie de los troncos. Philesia magellánica, un arbusto de vistosas flores rojas, es de distribución muy restringida.
Semidesierto de altura
Por arriba de los 1000 a 1100 m de altura, y hasta los 1500-1600 m (límite mas bajo de las nieves permanentes) podemos hallar los semidesiertos de altura.
Estas clases de vegetación presentan una escasa cobertura y un predominio de gramíneas xerofíticas y dicotiledóneas. Entre ambas, son comunes los cojines de los géneros Azorella y Bolax.
En zonas húmedas se forman pequeños prados con gran cantidad de vegetación. Allí son frecuentes las Azorella lycopodioides, Epilobium australe, Epilobium nivale y Alopecurus antarcticus, acompañadas aveces por Empetrum rubrum y Marsippospermun cf reichei.
En algunos sitios, inmediatamente por encima del nivel de las lengas achaparradas, hay una zona de vegetación arbustiva medianamente densa, denominada Empetrum rubrum y Pernettya sp.
A cambio de la vegetación altoandina-norpatagónica, aquí no se encuentran muchas especies de Mulinum, y hay una gran diversidad de elementos subantárticos.