Peces
Anfibios y reptiles
Aves
Mamíferos
Invertebrados
Especies introducidas o exóticas
Especies de fauna de valor especial
Peces
Las especies que se han podido ver hasta ahora son:
Puyen Galaxias maculatus en Lago Argentino.
Perca Percichthys, presumiblemente vinciguerrae, en Lago Argentino y Lago Viedma.
Aparte de las especies confirmadas, se puede presumir la actividad de otras que están presentes en las cuencas cercanas:
- Peladilla Aplochiton zebra, que ha sido registrada en Lago Toro.
- Peladilla Aplochiton taeniatus, también en el Lago Toro.
- Puyen Galaxias platei, vive en los lagos de la cordillera del Paine
Anfibios y reptiles
Existen dos grandes zonas herpetológicas en Patagonia: la Antigua o Norte y la Sur o de Santa Cruz que empieza en la division de aguas entre las cuencas del Río Chubut y del Río Deseado. La Región Santa Cruz está notoriamente empobrecida: de unas 60 especies patagónicas ya mencionada, hay 56 en la zona Norte y 13 en la Sur, de las cuales 9 son comunes a ambas. Es decir, que solo se encuentran 4 especies propias de esta región.
Anfibios
Durante las diferentes caminatas, se encontro la presencia de Pleuroderna bufonina en Bahía Túnel y en un derivado del Río de las Vueltas. También se descubrieron ejemplares de B. variegatus en la zona de Lago del Desierto en territorio de la provincia.
Reptiles
No hay trabajos que hagan referencia a las especies de reptiles del Parque Nacional Los Glaciares. El informe del Guardaparque registró la visualizacion de lagartijas en pastizales lejanos de la costa, en la zona de Punta Avellaneda. En la Isla Larga fue ¡encontrada una lagartija de unos 15 a 20 cm, Diplolaemus bibroni, u otra especie no dicha para la región. La bibliografía sobre reptiles coincide en agregar la zona del Parque Nacional en la distribución de Liolaemus grupo magellanicus-lineomaculatus.
Aves
La información captada sobre las aves del Parque es reciente y bastante completa. Hasta ahora, han sido encontradas en el Parque un promedio de 100 especies. Aún así, se requeriría completar la información que ya existe de los ambientes de altura, escasamente relevados. En esta grandiosa diversidad existente, se encuentran especies consideradas de valor especial de conservación, como el choique o ñandú petiso (Pterocnemia pennata), el cóndor (Vultur gryphus), el pato de los torrentes (Merganetta armata), el carancho blanco(Polyborus albogularis), y el yal austral(Melanodera melanodera). Asimismo, son de gran importancia las poblaciones de cóndor y del águila escudada (Geranoaetus melanoleucus) principalmente en el area norte del Parque. Especies de baja presencia en zonas tan frias han sido encontradas en algunos humedales del Parque Nacional, como el caso del tordo de ala amarilla(Agelaius thilius) y la viudita pico de plata(Hymenops percpicillata). Estas especies han sido vistas en la zona de Bahía Túnel del Lago Viedma al norte del Parque Nacional y en las lagunas de Pto. Bandera en territorio provincial, sobre el límite del Parque. También se destaca la presencia y nidificación en orillas de lagos y lagunas del Parque Nacional del ostrero overo o austral (Haematopus leucipodus).
Algunas especies con distribución austral y muy pocos registros en el país como la becasina grande (Gallinago Stricklandii) y fundamentalmente la gallineta chica (Rallus antarcticus) atraen una búsqueda especial por la baja densidad de poblacion con la que cuentan. La presencia estable en partes del Parque Nacional es de mucha importancia para la conservación de las dos especies.
Mamíferos
No se conoce ningún relevamiento general de mamíferos de la zona, por lo que el estado del conocimiento se pone un fin en una lista derivada de avisos de guardaparques y estudios antiguos que comprenden especialmente a los mamíferos medianos y mayores, y algunos datos de circunstancias sobre algunas especies. Durante las caminatas hechas en Noviembre se hicieron trampas para pequeños mamíferos.
En los tres sitios, se capturó unicamente el Akodon xanthorhinus. Además en excrementos de zorro se hallaron mandíbulas de Oryzomys longicaudatus. Por ende, estos son los primeros descubrimientos de estas especies para el Parque. Pobladores de la zona mencionan que el zorro colorado apareció en la zona luego de la llegada de la liebre, lo que habría contribuido a un retroceso relativo del zorro gris; también hablan del continuo retroceso numérico del gato del pajonal y el gato montés. Téngase en cuenta que estas son vistas subjetivas de algunos informantes y, por consiguiente, requieren confirmación. La zona chilena de Torres del Paine, cerca del Parque Nacional y con muchos items similares en aspectos ambientales es en contraste una de las zonas mejor analizadas de la Patagonia chilena. Se realizaron allí una gran cantidad de estudios modernos, especialmente sobre los guanacos y sobre la poblacion de carnívoros, basando aspectos ecológicos y de comportamiento. Estos trabajos son de gran utilidad en cuanto a que pueden orientar acerca de densidades, características ecológicas y reglas de manejo posibles en Los Glaciares.
Invertebrados
La información sobre los invertebrados de la Patagonia es increiblemente escasa. Si bien hay algunos datos de la zona, no se ha hecho ningun relevamiento de los invertebrados del Parque Nacional. Entre las pocas especies que han sido citadas para el Parque Nacional se encuentra la araña Liparotoma tripunctatum, especie común en los bosques húmedos de la región. Dsitintas especies de arañas fueron citadas para El Calafate. Entre los heterópteros, está citada para Pto. Bandera, en el límite del Parque Nacional, la especie Eurylomata sulina. Un insecto encontrado y fotografiado en grietas y canales del Glaciar Moreno en 1996. Se trataba de una ninfa de un Plecóptero, abundante en aguas corrientes y muy oxigenadas.
Especies introducidas o exóticas
Se han descubierto dos especies de salmónidos introducidos:
1) La trucha arco iris (Onchorhynchus mikiss).
2) La trucha de lago (Christivomer namaycush).
Ambas en los lagos Argentino y Viedma.
Es abundante y de distribución muy extendida la liebre europea(Lepus europaeus). También son comunes las especies domésticas asilvestradas: caballos y vacas, la segunda bastante abundante en algunos sectores.
Debería darse una parte especial a los caballos. La población aproximada es de unos 15 mil animales en la zona de la población de huemules del Valle Mascarello; este problema y las formas de manejo deben ser evaluados.
Un ejemplo de estos problemas es el siguiente:
Una acción de control que deshiciera repentinamente a los caballos podría causar un aumento de la caseria del puma sobre los huemules.